El Instituto Nacional Electoral (INE) determinó no instalar 96 casillas en seis estados debido a problemas de inseguridad y asuntos comunitarios. Esta medida afectó principalmente a Michoacán, donde las casillas serán reubicadas en otros distritos. Estas casillas representan a 57,552 electores, que serán canalizados a otras casillas básicas o especiales.

Según la Comisión de Capacitación y Organización Electoral, los estados afectados son Michoacán, Nayarit, Nuevo León, Oaxaca, Sinaloa y Ciudad de México. En Michoacán, la violencia en una localidad llevó a la renuncia de los integrantes de la mesa directiva de casilla. En otra sección, con menos de cien electores, grupos armados amenazaron a supervisores y capacitadores electorales.

En cuanto a los problemas comunitarios, el Coordinador del Consejo de Administración de la Comunidad de Jarácuaro expresó su oposición a la instalación de casillas, sin llegar a un acuerdo. En la Ciudad de México, las autoridades militares no permitieron la instalación de una casilla en Campo Militar Número 1.